[R][メモ] 卒論で使った分析
- 2009-01-31
- カテゴリ: その他のプログラミング
- タグ: R Tips 統計
卒論のためにRを使って行った分析をメモ。
やったことは、
- 3要因分散分析 (被験者間計画)
- 検出された交互作用を検定するために単純主効果検定
- 単純主効果の強さを測定するために効果量を計算 (イータ2乗)
統計のこともRのこともあまりよくわかっていないけど、少なくとも手元のデータではSPSSと同じ数値が出た。
分散分析
コントラスト配列の作成方法を指定するのがポイント？
> # Type III Anova
> library(car) # load Anova()
> options(contrasts = c("contr.sum", "contr.sum"))
> model <- lm(response ~ factor.A * factor.B * factor.C, data = results)
> tta <- Anova(model, type = "III")
> tta
Anova Table (Type III tests)
Response: response
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 53179 1 1469.5196 < 2.2e-16 ***
factor.A 39 1 1.0730 0.30354
factor.B 2349 1 64.9153 8.563e-12 ***
factor.C 7 1 0.2037 0.65302
factor.A:factor.B 152 1 4.1995 0.04389 *
factor.A:factor.C 43 1 1.1757 0.28166
factor.B:factor.C 1 1 0.0237 0.87809
factor.A:factor.B:factor.C 2 1 0.0452 0.83212
Residuals 2750 76
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
単純主効果検定
残差項を指定するのがポイント？ (参考サイト)
> # Simple Main Effects
> sme <- by(results, results$factor.A,
+ function(x) Anova(aov(response ~ factor.B, data = x),
+ type = "II", error = model))
> sme
results$factor.A: Level.A
Anova Table (Type II tests)
Response: response
Sum Sq Df F value Pr(>F)
factor.B 1797.2 1 49.661 7.158e-10 ***
Residuals 2750.3 76
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
--------------------------------------------------------------------------------
results$factor.A: Level.B
Anova Table (Type II tests)
Response: response
Sum Sq Df F value Pr(>F)
factor.B 672.82 1 18.592 4.801e-05 ***
Residuals 2750.30 76
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
注: factor.A, factor.B, factor.Cの水準数は全て2なので、多重比較は無し。
イータ2乗値
分散分析のイータ2乗値は、 η2 = SSeffect / SStotal で計算できるらしい。ちなみに、偏イータ2乗値は、pη2 = SSeffect / (SSeffect + SSerror)らしい。
> # Effect Sizes (Eta-Squared) > es <- lapply(sme, function(x) x$`Sum Sq` / sum(x$`Sum Sq`)) > es $Level.A [1] 0.3951999 0.6048001 $Level.B [1] 0.1965528 0.8034472
まとめ
- 単純主効果検定は面倒
- 分散分析の結果からイータ2乗値を出すのは簡単っぽい
- RのコードとGoogle Code Prettifyは相性がいい
- Tsukuba.R#4に行けなくなって残念＞＜
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